Retrait/maintien des colonnes spécifiques basés sur leur contenu dans R

Question 1

df:Il y a en réalité des milliers de fois, les variantes et les Id

     variant1 variant2 variant3 variant4
ID1   0/0         0/0      0/0     0
ID2   0/0         0/0      0/0     0
ID3   0/0         0/0      1/1     0
ID4   0/0         0/0      0/0     1
ID5   0/1         0/0      0/0     0

Résultat escompté:

     variant1 variant2 variant3 variant4


ID3   0/0         0/0      1/1     0
ID4   0/0         0/0      0/0     1
ID5   0/1         0/0      0/0     0

J'aimerais ne garder que les lignes si ils ont 0/1, 1/1 ou 1 en eux.

J'ai essayé dt[grepl(0/1", df),] pour chaque itération, mais il ne semble pas fonctionner.

Est-il une base de R ou de données.table façon de faire cela?

Question 2

Nous pouvons utiliser if_any à partir de dplyr

library(dplyr)
dt %>%
    filter(if_any(everything(), ~ . %in% c("0/1", "1/1", "1")))

-sortie

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

Ou à l'aide de base R

dt[ Reduce(`|`, lapply(dt, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1"))),]

-sortie

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

La même option peut être utilisée data.table

library(data.table)
setDT(dt)[dt[, Reduce(`|`, lapply(.SD, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1")))]]

données

dt <- structure(list(variant1 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/1"
), variant2 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/0"), variant3 = c("0/0", 
"0/0", "1/1", "0/0", "0/0"), variant4 = c("0", "0", "0", "1", 
"0")), row.names = c("ID1", "ID2", "ID3", "ID4", "ID5"), class = "data.frame")

akrun · Answer 1 · 2021-11-22T17:16:10

Nous pouvons utiliser if_any à partir de dplyr

library(dplyr)
dt %>%
    filter(if_any(everything(), ~ . %in% c("0/1", "1/1", "1")))

-sortie

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

Ou à l'aide de base R

dt[ Reduce(`|`, lapply(dt, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1"))),]

-sortie

    variant1 variant2 variant3 variant4
ID3      0/0      0/0      1/1        0
ID4      0/0      0/0      0/0        1
ID5      0/1      0/0      0/0        0

La même option peut être utilisée data.table

library(data.table)
setDT(dt)[dt[, Reduce(`|`, lapply(.SD, `%in%`, c("0/1", "1/1", "1")))]]

données

dt <- structure(list(variant1 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/1"
), variant2 = c("0/0", "0/0", "0/0", "0/0", "0/0"), variant3 = c("0/0", 
"0/0", "1/1", "0/0", "0/0"), variant4 = c("0", "0", "0", "1", 
"0")), row.names = c("ID1", "ID2", "ID3", "ID4", "ID5"), class = "data.frame")

Merci de prendre le temps de répondre, cela a très bien fonctionné. Quel est le "|" en fonction de Réduire veux dire? N' ".SD" dans les données.le tableau dire s'appliquent à toute la table?
@tacrolimus L' | est OU de l'exploitant. Il vérifie elementwise OU dans chaque vecteur à partir de la liste de sortie de lapply et retourne un vecteur unique de VRAI/FAUX. c'est à dire si il y a une seule VRAIE dans la même position, elle renvoie TRUE ou FALSE autrement. 2) .SD - sous-ensemble de données.table. Si l'on ne spécifie pas quoi que ce soit dans .SDcolsil va prendre l'ensemble des colonnes

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